COVID-19 : De la chauve-souris à l’Homme en passant par le pangolin

Le pangolin, une espèce de fourmilier serait le chaînon manquant de la transmission du SRAS-CoV-2 de la chauve-souris à l’Homme.

Alors que l'infection au coronavirus SARS-CoV-2 poursuit rapidement sa propagation avec, à ce jour 30 mars 2020, 700.000 cas confirmés dans 177 pays et plus de 32.000 décès, il est crucial de mieux comprendre ses mécanismes cellulaires. Des études récentes sur le génome du virus sont parvenues à des conclusions controversées désignant les serpents comme les hôtes intermédiaires du nouveau virus. Cette nouvelle recherche de l’Université du Michigan, présentée dans le Journal of Proteome Research suggère que le pangolin, une espèce de fourmilier serait le chaînon manquant de la transmission du SRAS-CoV-2 de la chauve-souris à l’Homme.

Identifier le réservoir de SRAS-CoV-2, le virus à l'origine de la pandémie de COVID-19 et comprendre comment le virus a évolué et se propage aujourd’hui est essentiel pour parvenir à contrôler l’épidémie et développer un traitement. La plupart des experts conviennent aujourd’hui que les chauves-souris sont un réservoir naturel de SARS-CoV-2, mais qu’il a fallu un hôte intermédiaire pour que le coronavirus passe des chauves-souris aux humains.

Des hôtes intermédiaires supplémentaires restent toujours possibles.

Des séquences protéiques dans les poumons de pangolins malades identiques à 91% aux protéines du coronavirus humain.

Une étude récente qui a analysé le génome du nouveau coronavirus a suggéré que les serpents pouvaient constituer la source du virus, cependant les coronavirus sont documentés comme ne pouvant infecter que les mammifères et les oiseaux ;
une autre étude a comparé la séquence de la protéine de liaison responsable de l'introduction du virus dans les cellules de mammifères à celle du VIH-1, laissant ouverte l’hypothèse que le nouveau coronavirus aurait pu être conçu en laboratoire. Cette théorie a tout de suite été réfutée.

Une nouvelle analyse des séquences ADN et des protéines du virus a donc été entreprise par ces virologues du Michigan pour répondre à ces questions. Ici, les chercheurs ont utilisé des ensembles de données plus importants et des méthodes et des bases de données bioinformatiques plus récentes et plus précises pour analyser le génome du SRAS-CoV-2. Leur analyse constate que, contrairement à l'affirmation selon laquelle 4 régions de la protéine de pointe étaient uniquement partagées entre le SRAS-CoV-2 et le VIH-1, ces 4 segments de séquence pouvaient également être retrouvés dans d'autres virus, y compris dans « les coronavirus de chauve-souris ».

Les protéines du virus du pangolin à 91% similaires aux protéines de SARS-CoV-2 : l'équipe a recherché des séquences d'ADN et de protéines isolées à partir de tissus de pangolins pouvant être similaires à celles du SARS-CoV-2. Les scientifiques identifient ainsi des séquences protéiques dans les poumons d'animaux malades identiques à 91% aux protéines du virus humain. De plus, ils constatent que le domaine de liaison aux récepteurs de la protéine de pointe du coronavirus pangolin ne comporte que 5 différences d'acides aminés par rapport au SARS-CoV-2, vs 19 différences par rapport au coronavirus de chauve-souris.

Ces preuves suggèrent que le pangolin est l'hôte intermédiaire le plus probable du nouveau coronavirus, de la chauve-souris à l’Homme. Les recherches se poursuivent car des hôtes intermédiaires supplémentaires restent possibles.