COVID-19 : Le variant britannique circulait dans 15 pays lors de sa détection

"Officiellement" détectée en décembre 2020 dans le Sud-est de l’Angleterre, documentée comme faiblement présente dès mi-octobre 2020, le moment de l'émergence du variant britannique est aujourd’hui fortement remis en question (Illustration: Jenna Luecke/University of Texas at Austin)

La variante britannique « B.1.1.7 » du virus SARS-CoV-2 associé à la maladie COVID-19, est en passe de devenir la variante dominante du virus, aux États-Unis et dans le monde. « Officiellement » détectée en décembre 2020 dans le Sud-est de l’Angleterre, documentée comme faiblement présente dès mi-octobre 2020, le moment de son émergence est aujourd’hui fortement remis en question par cette équipe de virologues de Université du Texas à Austin. Cette étude, publiée dans la revue Emerging Infectious Diseases suggère que le variant aurait circulé des mois aux États-Unis dès octobre 2020 et dans une quinzaine de pays au total, avant sa détection.

« Lorsque nous avons appris l'émergence de la variante britannique en décembre, elle se propageait déjà depuis plusieurs mois silencieusement à travers le monde », explique l’auteur principal, Lauren Ancel Meyers, directrice du COVID-19 Modeling Consortium de l'Université du Texas à Austin et professeur de biologie. « Nous estimons que la variante B117 est probablement arrivée aux États-Unis en octobre 2020, deux mois avant que l’on connaisse son existence ». L'étude apporte des preuves que la variante B117 (501Y) s'était déjà propagée à travers le monde sans être détectée pendant des mois lorsque les scientifiques l'ont découverte.

La variante B117 (501Y) s'était déjà propagée à travers le monde sans être détectée pendant des mois lorsque les scientifiques l'ont découverte (Schéma University of Texas COVID-19 Modeling Consortium).

Améliorer les protocoles de séquençage et la transmission des données dans le monde

C’est l’analyse des données de 15 pays qui permet ici de faire l’hypothèse que des voyageurs, en provenance du Royaume-Uni aient introduit la variante dans 15 pays entre le 22 septembre et le 7 décembre 2020, et aux États-Unis, vers la mi-octobre.

Ces données appellent à améliorer et à « mondialiser » les données de séquençage rapide des virus pour la détection précoce et le suivi des nouvelles variantes préoccupantes.

Le consortium a développé un nouvel outil, un calculateur en ligne qui indique le nombre d'échantillons de virus qui doivent être séquencés afin de détecter les nouvelles variantes lorsqu'elles émergent pour la première fois. Par exemple, si l'objectif est de détecter une variante émergente au moment où elle provoque 1 nouvelle infection au COVID-19 sur 1.000, environ 3.000 échantillons positifs au SRAS-CoV-2 par semaine doivent être séquencés. Le calculateur permet donc également aux laboratoires d’estimer le délai de détection d’une nouvelle variante, compte tenu de leur capacité de séquençage actuelle.