COVID-19 : Le virus mute mais ne se transmet pas plus vite

Le virus pourrait bien continuer à acquérir de telles mutations mais leur identification rapide, aujourd’hui possible, permettra de mettre à jour les vaccins à temps, si nécessaire ( Visuel Adobe Stock 374182371)

« Les nouvelles sur le front des vaccins sont excellentes », écrivent ces virologues de l’University College de London (UCL). Surtout, les mutations du coronavirus SARS-CoV-2, qu’ils viennent de répertorier ne semblent pas augmenter sa transmissibilité. Le virus pourrait bien continuer à acquérir de telles mutations mais les chercheurs se déclarent convaincus que leur identification rapide, aujourd’hui possible, permettra de mettre à jour les vaccins à temps, si nécessaire.

Cette analyse des génomes viraux de plus de 46.000 personnes atteintes du COVID-19 de 99 pays, publiée dans Nature Communications, révèle un nombre « stupéfiant » de génomes du SRAS-CoV-2. « Nous avons réalisé dès le début de la pandémie que nous avions besoin de nouvelles approches pour analyser d'énormes quantités de données en temps quasi réel pour pouvoir signaler les nouvelles mutations du virus qui pourraient affecter sa transmission ou la gravité des symptômes », rappelle l’auteur principal, le Dr Lucy van Dorp de l’UCL Genetics Institute. « Heureusement, nous venons de constater qu'aucune de ces mutations ne permet une propagation plus rapide du COVID-19. Cependant nous devons rester vigilants en particulier en regard du déploiement des nouveaux vaccins.

La plupart des mutations sont neutres, mais certaines peuvent être favorables ou néfastes au virus.

Les coronavirus comme le SARS-CoV-2 sont un type de virus à ARN, qui peuvent tous développer des mutations de 3 manières différentes :

par erreur de copie lors de la réplication virale,
via des interactions avec d'autres virus infectant la même cellule (recombinaison ou réassortiment),
via les systèmes de modification de l'ARN de l'hôte qui font partie de l'immunité de l'hôte (par exemple, le système immunitaire).

L'équipe de recherche a analysé une base de données mondiale sur les génomes de virus en provenance de 46723 personnes atteintes de COVID-19, recueillis jusqu'à fin juillet 2020.

Pas moins de 12.706 mutations de SRAS-CoV-2 ont alors été identifiées ;
398 des mutations apparaissent produites de manière répétée et indépendante ;
parmi ces mutations, 185 mutations se sont produites au moins 3 fois indépendamment au cours de la pandémie.

Ces mutations augmentent-elles la transmission du virus ? Pour vérifier ce point, les chercheurs ont modélisé l'arbre évolutif du virus et regardé si une mutation en particulier devenait de plus en plus fréquente dans une branche donnée de l'arbre : en d’autres termes, ils ont regardé si une mutation qui se produit pour la première fois dans le virus, se reproduit ensuite plus fréquemment dans les descendants de ce virus. Cependant, l’analyse n’identifie aucune preuve que l'une des mutations courantes augmente la transmissibilité du virus. Tout au contraire, les scientifiques constatent que

les mutations les plus courantes sont neutres pour le virus.

C’est notamment le cas d’une mutation dans la protéine de pointe du virus appelée D614G, largement documentée comme une mutation courante et « qui pourrait rendre le virus plus transmissible ». Dans cette analyse, la mutation en question n’apparaît pas associée à une augmentation significative de la transmission.

La plupart des mutations courantes semblent avoir été induites par le système immunitaire humain, plutôt que d'être le résultat de l'adaptation du virus à son nouvel hôte humain. Cette situation contraste avec une autre analyse par la même équipe sur l’adaptation du SRAS-CoV-2 lors de sa transmission des humains aux visons. L’analyse des génomes de virus provenant du vison, révèle que la même mutation apparaît à une fréquence élevée dans différents élevages, ce qui atteste de sa plus forte transmissibilité.

Un virus mute et finit par produire différentes lignées alors que sa circulation s’accroît en population humaine, « mais cela n'implique pas nécessairement que ces lignées seront plus transmissibles ou plus nuisibles ». Les chercheurs décrivent le virus comme déjà « bien adapté à la transmission entre les humains ».

« Le virus avait même peut-être déjà atteint sa forme physique optimale, pour infecter l'hôte humain, au moment où il émergé ».

La surveillance de l’évolution du virus doit se poursuivre : la mise à disposition imminente de vaccins est susceptible d'exercer de nouvelles pressions sélectives sur le virus qui pourrait lui permettre d’échapper à la reconnaissance par le système immunitaire humain. Cela peut conduire à l'émergence de mutants échappant au vaccin. Ainsi, l'identification en temps réel de ses éventuelles mutations reste primordiale.

« Le virus pourrait bien acquérir des mutations de fuite du vaccin à l'avenir, mais nous sommes convaincus que nous serons en mesure de les signaler rapidement ».