COVID-19 : Un point sur ses gènes communs avec d'autres maladies

Près de 2 ans après le début de la pandémie, cette analyse phénomiquenous propose, dans la revue PLoS Genetics, un bilan des liens génétiques entre le COVID-19 sévère et d'autres maladies (Visuel PLoS Genetics).

De nombreuses études ont été publiées sur l’obésité, le diabète ou encore la maladie cardiovasculaire, en tant que comorbidités du COVID-19 et facteurs de risque de formes plus sévères de la maladie. Près de 2 ans après le début de la pandémie, cette analyse phénomique, à grande échelle, proposée par une équipe de généticiens du Veterans Affairs (VA) Medical Center de Philadelphie, nous propose, dans la revue PLoS Genetics, un bilan des liens génétiques entre le COVID-19 sévère et d'autres maladies. Un bilan qui pourrait contribuer à développer de nouvelles stratégies de traitement du COVID-19.

En synthèse, ces travaux confirment que les gènes identifiés comme liés au COVID-19 sévère sont associés à des facteurs de risque établis et à des effets indésirables, dont la thrombose veineuse profonde mais révèlent aussi qu’un sous-ensemble important de ces gènes entretient des associations inverses avec le risque de troubles à médiation immunitaire tels que le psoriasis, le lupus et les maladies rhumatoïdes.

L’analyse des données du Veterans Affairs Medical Center de Philadelphie met ainsi en lumière des liens génétiques clairs entre la gravité du COVID-19 et certaines maladies, dont certaines déjà documentées comme facteurs de risque connus de COVID-19 sévère. Certaines personnes atteintes de COVID-19 développent en effet une maladie plus grave. Parmi les facteurs identifiés, des facteurs génétiques, dont certains déjà révélés par de précédentes recherches. Certaines de ces variantes de risque peuvent également être associées à d'autres maladies, ce sont ces variantes « partagées » qui viennent d’être identifiées.

L'identification de variantes partagées

Cette nouvelle compréhension pourrait améliorer la prise en charge du COVID-19 explique cette équipe qui a effectué l’analyse des données génotypiques des dossiers de santé électroniques (DSE) pour plus de 650.000 vétérans, via une étude d'association à l'échelle du phénome (PheWAS). L’objectif était d’identifier les liens entre les variantes souvent identifiées chez les participants âgés ayant eu un COVID-19 sévère et les variantes associées à une large sélection de conditions médicales. L'analyse révèle en effet que :

certaines variantes associées au COVID-19 sont également associées à des facteurs de risque connus de COVID-19 ;
des liens particulièrement forts ont été trouvés pour les variantes associées à l'embolie veineuse et à la thrombose, ainsi qu'au diabète de type 2 et aux cardiopathies ischémiques, 2 facteurs de risque déjà documentés du COVID-19 ;
des liens génétiques sont également identifiés entre le COVID-19 sévère et la neutropénie pour les participants d'ascendance africaine et hispanique ; ces liens n'apparaissaient pas chez les participants d’autres origines ethniques ;
parmi les affections respiratoires, la fibrose pulmonaire idiopathique et la maladie pulmonaire alvéolaire chronique partagent des liens génétiques avec le COVID-19 sévère, mais ce n’est pas le cas d'autres infections respiratoires et notamment de la maladie pulmonaire obstructive chronique (MPOC) ;
enfin, certaines variantes associées au COVID-19 sévère sont associées à un risque réduit de maladies auto-immunes, telles que le psoriasis et le lupus. Un résultat qui confirme le rôle complexe du système immunitaire dans le COVID-19- et dont il faudra tenir compte dans le développement de nouveaux traitements.

«L'étude démontre la valeur et l'impact des grandes biobanques reliant les variations génétiques aux données des dossiers d’usagers en santé publique, pour optimiser la réponse aux pandémies actuelles et futures. Enfin, la recherche met en lumière la façon dont le virus SRAS-CoV2 exerce une pression sur le système immunitaire humain ».