Le séquençage du génome de l'E. coli révèle une nouvelle souche super-toxique

Shenzhen, Chine: La récente flambée d’infections à E. coli en Allemagne a laissé craindre l'apparition d'une nouvelle souche mortelle de bactéries. Le Beijing Genomics Institute (BGI) en liaison avec le Centre médical universitaire de Hambourg a commencé le séquençage du génome de la bactérie et à évaluer ses risques pour la santé humaine. Cette analyse, publiée au 2 juin par l'Institut chinois, montre que l'infection actuelle est causée par une E. coli E. super-toxique d’un tout nouveau “genre”.

Selon les dernières données des auorités sanitaires allemandes, 17 décès auraient été identifiés en Europe et plus de 1.000 nouveaux cas d'infection seraient signalés dans d'autres parties de l'Europe, dont la Suède, le Danemark, les Pays-Bas, le Royaume-Uni, et d'autres pays. Le Centre médical universitaire de Hambourg-Eppendorf a accueilli la majorité des patients infectés, en provenance du nord de l'Allemagne et s'est retrouvé face à l'inefficacité des traitements par antibiotiques.

Le BGI en collaboration avec les chercheurs du Centre médical de l'Université de Hambourg ont mis à contribution leur technologie d'analyse génomique pour déterminer la souche à l'origine de l'infection, révéler les mécanismes de l'infection et faciliter le développement de mesures visant à contrôler la propagation de l'épidémie .

Il s'agit d'un tout nouveau sérotype: Après avoir reçu des échantillons de l'ADN bactérien, a terminé le séquençage du génome de la bactérie grâce à leur plate-forme de séquençage de troisième génération. L'analyse montre que la bactérie E. coli est une toute nouvelle souche, très infectieuse et très toxique.

· Selon les résultats disponibles, la taille estimée du génome de cette nouvelle souche d'E. coli est d'environ 2,5 Mb.

· La bactérie est bien un sérotype O104 d'E. coli EHEC, toutefois, il s'agit d'un tout nouveau sérotype, encore impliqués dans des flambées précédentes d'E. coli.

· L'analyse comparative montre que cette bactérie présente une similarité de séquence avec 93% de la souche E. coli CEEA 55 989, déjà isolée en République centrafricaine et connue pour provoquer des diarrhées aigües.

· Cette nouvelle souche de E. coli, toutefois, aurait acquis des séquences spécifiques similaires à celles impliquées dans la pathogénicité de la colite hémorragique et du syndrome hémolytique et urémique. L'acquisition de ces gènes a pu s'effectuer par le transfert de gènes.

· L'analyse a également montré que cette bactérie mortelle porte plusieurs gènes de résistance aux antibiotiques, don't la résistance aux aminoglycosides, aux macrolides et aux bêta-lactamines, ce qui rend les traitements antibiotiques inefficaces.

L'équipe de recherche poursuit l'analyse des gènes de virulence, leurs profils d'expression, la résistance aux médicaments et les mécanismes de transfert de gènes.