CANCER: La pureté de la tumeur peut fausser la décision de traitement

L'étude a porté sur un ensemble de données du Cancer Genome Atlas (TCGA), une initiative du National Cancer Institute et du Human Genome Research Institute, des données issues de l'analyse d'échantillons de tumeurs et de tissus normaux de 11.000 patients, portant au total sur 33 types de cancer. L'équipe a mesuré la pureté de la tumeur sur plus de 10.000 échantillons couvrant 21 types de cancer, et a évalué comment cette pureté pouvait affecter la fiabilité de 3 méthodes d'analyse génomiques courantes, utilisées dans la recherche sur le cancer.

Prendre en compte la « pureté » de la tumeur : L'équipe constate alors que l'expression de certains gènes peut varier considérablement à l'analyse, en fonction de la prise en compte de la pureté de la tumeur.

· Dans certains échantillons, de cancer du poumon, du rein et de la thyroïde, si la pureté de la tumeur n'est pas été prise en compte, l'analyse peut donner des résultats trompeurs sur l'expression relative de protéines cibles importantes dans l'immunothérapie.

· Enfin, la « signature génétique » qui prédit parfois la réponse à l'immunothérapie s'avère aussi fortement corrélée avec la pureté d'un échantillon donné.

· La « charge mutationnelle » qui identifie les gènes et les voies qui peuvent conduire à la réponse aux traitements s'avère elle-aussi sensible à l'infiltration de cellules immunitaires dans la tumeur.

Dans le cas des immunothérapies : l'équipe constate que les mesures utilisées pour prédire l'efficacité des immunothérapies ciblant « les inhibiteurs de check points » sont exactes uniquement lorsque le degré d'infiltration des cellules immunitaires dans la tumeur a été quantifiée de manière précise. Lorsque cet aspect de la pureté de la tumeur n'a pas été pris en compte, les estimations des chances de succès de l'immunothérapie sont erronées, soit trop élevées ou soit trop faibles. Et, dans le cas de l'immunothérapie, qui est un traitement coûteux et avec risque d'effets secondaires, il est essentiel d'identifier quels patients sont plus les susceptibles d'en bénéficier. Et cela est possible, en évaluant plus finement les cellules immunitaires présentes dans les tumeurs.

Bref, les tumeurs sont un microenvironnement complexe contenant un certain nombre de types de cellules, normales et cancéreuses, qui interagissent, et c'est cet ensemble qui doit être considéré.