ÉPIGÉNOME: La carte qui permet de mieux comprendre la maladie

Une carte complète de l'épigénome humain, c'est ce que livre aujourd'hui cette collaboration de recherche internationale, menée par une équipe de l'École de médecine de l'Université de Washington. Cette fameuse cartographie comprend les descriptions détaillées des marqueurs épigénétiques dans 111 types de cellules et de tissus. De plus, d'autres cartographies partielles pour de nombreux autres types de cellules sont en cours de développement, et viendront se combiner par la suite.

C'est le début d'une nouvelle ère pour la biologie, écrit le Dr Ting Wang, professeur adjoint de génétique et auteur principal du projet de cartographie de l'épigénome. Cette cartographie va permettre d'examiner de près les différences épigénétiques entre les différents types de cellules, de comprendre les effets de ces différences, d'identifier celles qui sont à l'origine de la spécialisation cellulaire ou à l'initiation du développement de la maladie.

A l'intersection du génome et l'environnement : Les épigénomes sont dynamiques et peuvent être altérés par les facteurs environnementaux, comme les changements de mode de vie, l'alimentation et l'exercice, ou les traitements médicamenteux. Les facteurs environnementaux sont des facteurs épigénétiques. L'épigénome joue ainsi un rôle clé dans la santé et la maladie.

Des quantités massives de données génétiques et moléculaires devront encore être analysées et les chercheurs ont développé un logiciel spécifique et un browser, qui doivent permettre aux scientifiques du monde entier d'étudier les épigénomes des cellules saines ou malades et associer les variations génétiques liées à la maladie à des marqueurs épigénétiques dans certains types de cellules.

Parmi ces modifications épigénétiques, la méthylation de l'ADN, une marque épigénétique qui fait taire généralement l'expression des gènes. Etudiée sur 25 types de cellules et de tissus humains, elle a été identifiée sur plus de 18.000 régions du génome.

Autre découverte, l'étude des marqueurs épigénétiques dans 3 types de cellules de peau humaine, a permis de constater que les cellules de la peau n'ont pas une forte signature épigénétique.

Source: Nature Feb. 18, 2015 doi:10.1038/nature14248 Integrative analysis of 111 reference human epigenomes

Nature Communications Feb. 18, 2015

doi:10.1038/ncomms7363 Intermedia DNA methylation is a conserved signature of genome regulation

doi: 10.1038/ncomms6442 Regulatory network decoded from epigenomes of surface ectoderm-derived cell types

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